В качестве самостоятельного подразделения комендантский отдел университета был образован в сентябре 2014 года. До этого времени комендантское отделение входило в состав отдела профессиональной, служебной и физической подготовки. Начальниками комендантского отделения в разные периоды были: младший лейтенант милиции И.А. Голова, старший лейтенант милиции В.А. Бакитко, майор милиции Н.Н. Черунов, майор милиции В.В. Яценко, подполковник милиции М.Н. Козлов, майор милиции Ю.А. Стрельцов, капитан милиции М.А. Безников, полковник полиции С.А. Айрапетян и с января 2015 года деятельностью отдела руководит полковник полиции Андрей Петрович Тюнь.

В своей повседневной деятельности комендантский отдел организует несение службы и проводит инструктаж личного состава суточного наряда, обеспечивает пропускной режим на объектах университета, осуществляет прием служебной информации и ее передачу в подразделения университета, организует взаимодействие по вопросам своей компетенции со всеми подразделениями университета, дежурной частью ГУ МВД России по Краснодарскому краю, дежурными частями отделов полиции Управления МВД России по городу Краснодару и иными правоохранительными органами при осуществлении охраны и обороны объектов университета, обеспечивает соблюдение пожарной безопасности сотрудниками университета на объектах университета.

Неотъемлемой частью работы комендантского отдела является обеспечение надлежащего хранения Знамени университета и выдача закрепленного за личным составом университета оружия и боеприпасов, специальных средств, средств индивидуальной бронезащиты и активной обороны для несения службы, выполнения служебных задач и занятий.

Одной из основных функций отдела является организация выполнения федерального законодательства и иных правовых актов Российской Федерации, нормативных правовых актов МВД России по вопросам обеспечения пропускного режима на объектах университета и разработкой документов и материалов по вопросам обеспечения пропускного режима.

В числе основных задач комендантского отдела находятся организация ежесуточного непрерывного сбора информации об оперативной обстановке (чрезвычайных происшествиях) на объектах университета, о происшествиях (преступлениях), совершенных в территориальных органах внутренних дел, с участием личного состава университета; осуществление контроля за несением службы суточным нарядом; организация и обеспечение пропускного режима на объектах университета; организация охраны объектов и сооружений, вооружения, боеприпасов, спецтехники, материальных и других ценностей на объектах университета; организация мероприятий по усилению охраны объектов, первоначальных действий при чрезвычайных ситуациях и в особых условиях; координация действий подразделений университета; осуществление контроля за соблюдением личным составом университета законности и дисциплины, правил ношения установленной формы одежды, выполнением распорядка дня; объявление по решению начальника университета степени готовности личного состава подразделений университета при возникновении чрезвычайных ситуаций; оказание методической и практической помощи подразделениям университета в организации службы нарядов; поддержание взаимодействия с территориальными органами внутренних дел; обобщение и анализ поступающей из подразделений иных правоохранительных органов, органов государственной власти и местного самоуправления информации о фактах, а также факторах и условиях, способствующих возникновению чрезвычайных ситуаций, вызванных межнациональными и этническими конфликтами, природными и техногенными бедствиями, а также осложнениями криминального характера.

Ключевая роль отдела проявляется в осуществлении оповещения подразделений университета о непосредственной подготовке к переводу на работу в условиях военного времени, о введении степеней готовности, о внезапном нападении противника, о начале выполнения мероприятий по гражданской обороне, оповещения по плану действий при чрезвычайных обстоятельствах.

Для оперативного выполнения задач и в целях улучшения комендантской службы отдел обеспечен: автоматизированной контрольно-пропускной системой; системой видеонаблюдения за объектами университета; стационарными и переносными средствами связи; средствами оповещения личного состава университета; средствами приема, анализа и обработке информации; приборами радиационной и химической разведки; автоматической пожарной, охранной и тревожной сигнализацией; металлоискателями; коллективными и индивидуальными средствами защиты.

С марта 2017 года в состав комендантского отдела университета вошло отделение организации службы. Отделение организации службы организованно в сентябре 2014 года в составе отдела профессиональной служебной и физической подготовки. В качестве самостоятельного подразделения отделение организации службы образованно в 2015 году, а с 1 марта 2017 года в составе комендантского отдела университета.

В своей повседневной деятельности отделение организации службы, организует несение службы суточного наряда университета. Осуществляет контроль за соблюдением личным составом университета законности и дисциплины, правил ношения установленной форменной одежды, выполнения распорядка дня на территории университета; готовит ежедневные строевые записки за университет, составляет план проведения хозяйственного дня в структурных подразделениях университета; разрабатывает графики дежурств ответственных по университету и помощников дежурного по университету; организует подготовку личного состава специального сводного отряда, привлекающегося к проведению контртеррористических операций; проводит подготовку личного состава университета к участию в охране общественного порядка и общественной безопасности в период подготовки и проведения спортивных и общественных мероприятий в Краснодарском крае, а также осуществляет контроль за несением службы во время их проведения; организует меры безопасности при проведении на территории университета массовых мероприятий.

С апреля 2017 года в связи с оргштатными изменениями на три единицы увеличилась штатная численность комендантского отдела университета. На территории загородной учебной базы университета (дислокация г. Майкоп) организуют службу сотрудники комендантской группы комендантского отдела университета.

От полного и успешного выполнения комендантским отделом своих задач и функций зависит не только ежедневная работа других подразделений университета, но и безопасность постоянного и переменного состава вуза.

Функции и задачи, возложенные на отдел, осуществляют (осуществляли) следующие сотрудники:

заместитель начальника комендантского отдела подполковник полиции Сергей Николаевич Ночвай;

заместитель начальника отдела – начальник отделения организации службы комендантского отдела подполковник полиции Олег Владимирович Денисенко;

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Эдуард Валерьевич Баскаков;

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Ашот Саркисович Малхасян;

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Роман Александрович Зайцев;

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела старший лейтенант полиции Константин Романович Шульженко;

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Владимир Владимирович Федюнин (с августа 2014 года по июль 2017 года);

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Роман Андреевич Журахов (с декабря 2016 года по июль 2019 года);

старший инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Николай Владимирович Кулибаба (с июля 2017 года по февраль 2020 года);

инспектор (дежурный) комендантского отдела капитан полиции Андрей Петрович Пономарев;

инспектор (дежурный) комендантского отдела капитан полиции Василий Николаевич Горбань;

инспектор (дежурный) комендантского отдела капитан полиции Максим Тихонович Жовнир (с ноября 2018 года по октябрь 2020 года);

инспектор (дежурный) комендантского отдела майор полиции Андрей Витальевич Новомлинский (с октября 2014 года по февраль 2018 года);

инспектор (дежурный) комендантского отдела капитан полиции Игорь Владимирович Бормотов (с февраля 2018 года по ноябрь 2018 года);

старший инспектор отделения организации службы комендантского отдела капитан полиции Александр Александрович Кочетков;

инспектор отделения организации службы комендантского отдела лейтенант полиции Александр Юрьевич Куликов;

инспектор отделения организации службы комендантского отдела лейтенант полиции Владимир Андреевич Диденко;

инспектор отделения организации службы комендантского отдела лейтенант полиции Александр Алексеевич Горошников;

инспектор отделения организации службы комендантского отдела майор полиции Дмитрий Леонидович Куропятник (с марта 2017 года по февраль 2018 года);

инспектор отделения организации службы комендантского отдела капитан полиции Степан Александрович Списивцев (с августа 2016 года по февраль 2018 года);

инспектор отделения организации службы комендантского отдела капитан полиции Юрий Андреевич Чуйков (с октября 2018 года по декабрь 2019 года);

старший инспектор (дежурный) комендантской группы (дислокация г. Майкоп) комендантского отдела майор полиции Николай Владимирович Зырянов;

инспектор (дежурный) комендантской группы (дислокация г. Майкоп) комендантского отдела майор полиции Виталий Асланчериевич Блягоз;

инспектор (дежурный) комендантской группы (дислокация г. Майкоп) комендантского отдела майор полиции Дмитрий Витальевич Тетерев;

старший инспектор (дежурный) комендантской группы (дислокация г. Майкоп) комендантского отдела майор полиции Алексей Алексеевич Гусарев (с апреля 2017 года по ноябрь 2018 года);

инспектор (дежурный) комендантского отдела капитан полиции Иващенко Алсександр Вячеславовоич.