Учёный совет является выборным представительным органом управления, предназначенным для коллегиального рассмотрения и решения наиболее важных вопросов организационной, учебной, методической работы, научно-исследовательской деятельности и морально-психологического обеспечения служебной деятельности в университете.

Учёный совет был создан в 1994 г., выборы первого состава учёного совета состоялись 28 июля. Председателем учёного совета был избран начальник института Юрий Александрович Агафонов, его заместителями – Валерий Аркадьевич Вишневецкий и Гайса Мосович Меретуков. С 1994 по 2005 г. работу совета обеспечивали учёные секретари А.В. Маркин, Е.И. Щетнев, И.В. Упоров, П.С. Волкова, Е.В. Фатальникова.

С 1995 г. учёный совет стал рассматривать вопросы о представлении к присвоению учёных и почётных званий. Первым к учёному званию «профессор» был представлен заместитель начальника института по научной работе доктор юридических наук Г.М. Меретуков, к учёному званию «доцент» – начальник кафедры криминалистики кандидат юридических наук А.И. Натура, к почётному званию «Заслуженный юрист Российской Федерации» – начальник кафедры оперативно-розыскной деятельности Р.И. Ульянов. По представлению совета учёное звание «профессор» и «доцент» присвоено 300 сотрудникам университета; почётное звание «Заслуженный юрист РФ» – 50 сотрудникам, «Заслуженный деятель науки РФ» – 20.

С сентября 2006 г. организационное обеспечение работы учёного совета и ведение делопроизводства осуществляет учёный секретарь – кандидат социологических наук, доцент полковник полиции Елена Викторовна Фатальникова.

С января 2021 г. организационное обеспечение работы ученого совета и ведение делопроизводства осуществляют ученый секретарь Валентин Тильманович Жалкиев и инспектор ученого совета Яна Юрьевна Белашова.

С декабря 2014 г. учёным советом руководит начальник университета доктор юридических наук, профессор генерал-майор полиции Александр Викторович Симоненко. Заместители председателя учёного совета – первый заместитель начальника университета доктор технических наук, профессор полковник полиции Олег Митрофанович Булгаков. В составе учёного совета – начальники филиалов и кафедр, ведущие учёные университета, руководители структурных подразделений, представители совета ветеранов, профсоюзной организации.

Основными задачами учёного совета университета являются: разработка стратегических направлений образовательной, научной, воспитательной и служебной деятельности университета.

Учёным советом проведено более 350 заседаний, рассмотрены и обсуждены плановые и дополнительные вопросы, среди которых: проект Устава университета, учебные планы и планы деятельности, локальная нормативная база и другие важные вопросы.